氨基酸分析仪在工业上的应用，大致可分为以下6个方面：
1）食品在改进食品加工工艺、研制新产品中，必须考虑到食品的营养价值和味道鲜美，而食品的美味与氨基酸有关，如谷氨酸、门冬氨酸都是呈酸味的，其钠盐是呈酸味的，而甘氨酸、丙氨酸是呈甜味的，食品的营养价值主要由蛋白质、氨基酸来确定，所以在食品加工中测量其氨基酸含量非常重要。在工艺改进中，需要进行工艺改进前后的氨基酸分析对比，以确定新工艺是否可行。在试制新产品中，要确定新产品的营养价值和美味，也需要氨基酸分析仪测定其氨基酸的量。另外，强化食品需要在食品中添加氨基酸，当然也要进行氨基酸分析。
2）烟草烟草中含氮化合物对烟草的感官评吸质量和吸者健康都有重要的影响，历来受到人们的关注。氨基酸含量与烟草的品质有着密切的关系，是重要的致香前体物质。在烟草调制、醇化或发酵、加工乃至燃烧过程中，游离氨基酸与还原糖之间可发生酶催化及非酶催化的棕色反应。生成多种具有蒸煮、烤香、爆米花香味特征的吡喃、吡嗪、吡咯、吡啶类等杂环化合物，某些氨基酸如苯丙氨酸还可以自身分解成香味化合物，如苯甲醇、苯乙醇等。烟草加工过程特别是不同工艺处理会导致氨基酸含量的不同变化。因此，分析氨基酸组成及含量对烟草在加工过程中香味物质损失的控制与补偿有着积极的指导意义。
3）制药有些氨基酸本身有治疗作用，如精氨酸、门冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酸、组氨酸、蛋氨酸等。临床上使用的复方氨基酸输液就是由 11-18 种以上结晶氨基酸配成的制剂。此外，有些氨基酸还可作为合成药物的原料，如丙氨酸可作为合成维生素B6的原料，谷氨酸可作为合成叶酸的原料等等。由氨基酸组成的多肽类药物，如用于糖尿病的胰岛素，就是由51个氨基酸组成的多肽，这类生物制品目前使用的也不少。名贵动物药材如虎骨、犀角、麝香、鹿茸等，其组成都含有蛋白质、氨基酸。滋养补品如阿胶、鹿胎膏、乌鸡精等主要成份也是蛋白质、氨基酸。要研究这类药物的有效成分，确定其质量以及研制本类药物的制剂等均需借助于氨基酸分析仪以分析各类氨基酸的含量。另外，在合成药物的研究中有时也要进行氨基酸分析。
4）制革皮革是否柔软耐用，与其所含羟脯氨酸的量有关，因此在制革工艺的研究中，需要氨基酸分析仪以测定羟脯氨酸和其它氨基酸的量。
5）石油油岩中氨基酸的含量是确定油矿贫富的重要数据之一，因此在石油开发研究中常用氨基酸分析仪以测定油岩中氨基酸的含量。
6）综合利用利用废料制取氨基酸是一个很有前途的发展方向。现在已以鱼鳞、非食用鱼、象皮、鱼皮、毛发渣、蚕蛹渣、扎油后的油籽饼以及含蛋白质的工业废料、废渣等作为原料制取各种氨基酸。为了达到经济利用，首先要分析这些原料中各种氨基酸含量的多少，以便决定从中制取某几种氨基酸，而制得的氨基酸成品也需要用氨基酸分析仪测定其含量。
