氨基酸是生物功能大分子蛋白质的基本组成单位，是构成动物营养所需蛋白质的基本物质。氨基酸含有一个碱性氨基和一个酸性羧基，氨基一般连在a-碳上。组成蛋白质的20种氨基酸除甘氨酸外，都有一个不对称碳原子，即a-碳原子。a-碳原子有四个不同取代基：羧基、氨基、氢原子和R基团，不同氨基酸的R基团不同。每种氨基酸有D-构型和L-构型，天然蛋白质中的氨基酸都是L-构型。广泛存在于食品、药品、水产品、饲料和体液(血液、尿样等)。氨基酸分析仪采用专为氨基酸分析特制的输液泵、自动进样器、检测器、柱后衍生系统等部件，这些都有效地提高了氨基酸分析的分离度、检出限和重复性。
氨基酸分析仪基本分析原理：各种蛋白质都是由20种氨基酸首尾相连，并以一定的顺序组成肽链。用水解的方法将肽链打开，形成单一的氨基酸进行分析。所有的氨基酸在低PH值的条件下都带有正电荷，在阳离子交换树脂上均被吸附，但吸附的程度不同，碱性氨基酸结合力*、其次为芳香族氨基酸、中性氨基酸、酸性氨基酸结合力最弱。
按照氨基酸分析仪设定的洗脱程序，用不同离子强度、PH值的缓冲液依次将氨基酸按吸附力的不同洗脱下来(先酸性氨基酸再中性氨基酸最后碱性氨基酸)，被洗脱下来的氨基酸与茚三酮反应液在加热的条件下反应，生成可在分光光度计中570nm和440nm检测到的蓝紫色物质(仲氨生成浅黄色物质440nm检测)，外标法定量。
